インターセックス（いんたーせっくす）とは、「性分化疾患」（disorders of sex development）と呼ばれ、英語ではDSDと略される。性器、卵巣・精巣といった性腺、染色体等が男性型・女性型のどちらかに統一されていないか、または判別しにくい等の状態にあること。性的指向や性自認を指すものではなく、身体的特徴を指すことば。
2011年にはテレビ東京系列で、漫画「IS（アイエス）〜男でも女でもない性〜」（原作：六花チヨ氏）がドラマ化されました。
「先天的な生殖系、性器の異常」が原因のISは、日本では2000人に1人の割合で存在し、イギリスでは人口の3万人がこのISだとわかっています。ISとして生まれて来た人は、出生届の性別の欄は空白のまま。本人もどちらの性で人生を送るのがいいのかという葛藤や苦悩に悩まされることが多く、非常にデリケートな問題であるためにそれを隠す人もいます。（Spotlight ）
性分化疾患には先天性副腎皮質過形成症、クラインフェルター症候群、ターナー症候群等さまざまな疾患があり、その症状も個人によってまったく異なります。時には、結婚してから不妊で悩み、検査して初めて気づくようなケースもあります。また、その性自認も、男性寄りだったり、女性寄りだったり、中間だったり、あるいは男性寄りと女性寄りが時期によって変遷（「ゆらぎ」）したりと、一様ではありません。
性同一性障害は、身体的な性別がはっきりし、身体と自認する性が逆になるものであり、性分化疾患とは別のものです。（TV TOKYO）
インターセックスの人たちは独特の生物学的な特性を持って生まれる。よって自らに与えられた性別と相いれないトランスジェンダーの人たちとは異なる。皮肉なことに多くのインターセックスの人たちは、トランスジェンダーの人たちが求める外科手術やホルモン治療を自らの意思に反して受けている。
インターセックスやインターセックスの人たちが直面する問題について「北米インターセックス・ソサエティ」(Intersex Society of North America)や「インターアクト・ユース」(Inter/Act Youth)といった団体が支援している。詳細はそれぞれのサイトで。（アメリカ大使館公式マガジン「アメリカンビュー」）